AP19676357 жобасы – Қазақстандағы малдан алынған бруцеллалар изоляттарының вируленттілік факторларын тұтас геномдық секвенирлеуді қолдана отырып анықтау

Бруцеллез – Қазақстандағы ауыл шаруашылығы жануарларының ең көп таралған, жыл сайын тіркелетін жұқпалы зоонозды ауруы.

Жұқтырған ірі қара мал мен ұсақ күйіс қайыратын малды анықтау үшін серологиялық сынақтар қолданылады: Роуз Бенгал сынағы (RBT) және комплемент бекіту сынағы (CFT) (жылына кемінде 1000 үлгі). Серологиялық сынақтардың оң нәтижесі ПТР арқылы расталады. Жыл сайын кемінде 10 дақыл бөлініп, анықталады. Бруцеллалар геномының тұтас секвенирлеуі Illumina MiSeq технологиясын қолдана отырып жүргізіледі.

Алынған негізгі білімге сүйене отырып, болашақта жануарлардың бруцеллезіне қарсы қауіпсіз вакцина жасау мүмкін болуы мүмкін.

Ірі қара мал мен ұсақ күйіс қайыратын малдардың бруцеллезі жыл сайын Қазақстанның 14 аймағының 13-інде тіркеледі. Жұқтырған ірі қара мал емделмейді және союға жіберіледі, бұл фермерлер үшін айтарлықтай экономикалық шығындарға әкеледі. Жануарлармен жұқтырған адамдар ұзақ және ауыр бруцеллезбен ауырады, мүгедек болып қалады, ал ауыр жағдайларда өледі. Осылайша, әлеуметтік әсер адамдардағы бруцеллез жағдайларының азаюымен байланысты, ал экономикалық әсер бұл аурудың келтіретін экономикалық залалының азаюымен байланысты (сүт өнімділігінің төмендеуі, өмір бойы бедеулік және әлсіз, өміршең емес жас жануарлардың туылуы) және халықаралық сауданы жеңілдетеді. Инфекцияны жою жұқпалы агентті адамдар мен жануарларға қарсы биологиялық қару ретінде пайдалану мүмкіндігін болдырмайды.

Жоба барысында қызметкерлерге жұмыс орындары беріледі. Жобаның нәтижесінде қызметкерлер жануарлардағы бруцеллез қоздырғышының вируленттілік факторларын анықтауда және осылайша бұл инфекцияның патогенезін түсінуде жаңа ғылыми білім мен тәжірибе жинақтайды. Нәтижелер осы салада зерттеулер жүргізетін халықаралық қауымдастық өкілдері үшін қызықты болады.

Жоба тақырыбы. IRN AP19676357 "Тұтас геномдық секвенирлеуді қолдана отырып, Қазақстандағы малдан алынған бруцеллалар изоляттарының вируленттілік факторларын анықтау."

Жоба мақсаты.

Қазақстандағы ауыл шаруашылығы жануарларынан алынған Brucella spp. вируленттік факторларын зерттеу.

Жоба мақсаттары

1) Серологиялық тесттерді қолдана отырып, бруцеллезбен ауырған жануарларды анықтау.

2) ПТР көмегімен ауыл шаруашылығы жануарларының патологиялық материалын зерттеу.

• Жұқтырған жануарлардың патологиялық материалынан таза дақыл бөліп алу.
• Жануарлар дақылдарынан ДНҚ алу.
• Brucella spp. геномын толық секвенирлеу.
• Вируленттілік генін талдау.
• SNP өзгергіштігін талдау.

---

Зерттеу тобы мүшелерінің аты-жөні.

Жоба менеджері. Ветеринария ғылымдарының кандидаты Аида Тілекқызы Дауғалиева бруцеллез бойынша диссертация қорғады. Оның ветеринария ғылымында 18 жылдық тәжірибесі бар, оның 14-і молекулалық-генетикалық зерттеулерде. Оның h-индексі (Scopus) 2. Ол келесі зерттеу орталықтарында молекулалық-генетикалық әдістер бойынша тағылымдамадан өтті: Instituto Zooprofilattico sperimentale (Турин, Италия); Şap Enstitüsü (Анкара, Түркия); Бүкілресейлік ауылшаруашылық биотехнологиясы ғылыми-зерттеу институты (Мәскеу, Ресей); және Бельгиядағы BioNumerics бағдарламалық жасақтамасын қолдана отырып биоинформатикалық талдау. ПТР, RT-ПТР, Sanger секвенирлеу, фрагменттік талдау, Illumina MiSeq секвенсорында 16S метагеномдық талдауды қолдана отырып, жұқпалы микроорганизмдерді анықтау және ПТР тест жүйелерін әзірлеу бойынша маман. 100-ден астам ғылыми мақалалардың авторы, ол жобаны жалпы басқаруды қамтамасыз етеді және жобаның барлық іс-шараларына қатысады. (Scopus ID 57201215163, Зерттеуші ID Web of Science O-1991-2017, ORCID ID 0000-0002-7703-7798).

Жоба менеджерінің негізгі басылымдары:

1. Daugaliyeva А., Sultanov А.,  Usserbayev B.,  Baramova Sh., Modesto P.,   Adambayeva A.,  Acutis P.L.,  Peletto S. (2018). Genotyping of Brucella melitensis and Brucella abortus strains in Kazakhstan using MLVA-15. Infection, Genetics and Evolution. 58:135-144. (88%, Q2). DOI: 10.1016/j.meegid.2017.12.022. Citations-14.
2. Aryngaziyev B.,  Beltramo Ch.,  Dondo A.,  Karymsakov T.,  Varello K.,  Goria M.,  Di Blasio A.,  Nodari S.,  Colussi S.,  Modesto P.,  Daugaliyeva A.,  Acutis P.L.,  Daugaliyeva S.*,  Peletto S. (2020). Polymorphisms associated to bovine paratuberculosis:investigation of their role in DNA-protein interactions and transcriptional regulation. Veterinaria Italiana.  56(2):109-114.(65%, Q3). DOI:  10.12834/VetIt.2325.13205.1.
3. Beltramo Ch.,  Karymsakov T.,    Dondo A.,  Aryngaziyev B.,   Daugaliyeva А.,  Varello K.,  Acutis P.L.,  Daugaliyeva S.*,  Peletto S. (2021). Validation of suitable reference genes for quantitative expression analysis by qPCR in bovine terminal ileum and ileocecal valve.  Veterinaria Italiana.  57(3):209-214 (65%, Q3). DOI: 10.12834/Vet. It.2607.16055.1 .Citations-1.
4. Daugaliyeva A., Daugaliyeva S.*,  Ashanin A., Kanatbayev S.,  Beltramo Ch. and  Peletto S. (2022) Study of cattle microbiota in different regions of  Kazakhstan using 16S metabarcoding analysis. Scientific Reports.  12: 16410. Р 1-11. (91%, Q2). Q2. DOI: 10.1038/s41598-022-20732-4.
5. Daugaliyeva A.,  Daugaliyevа S.,* Ashanin A.,  Beltramo Ch.,  Mamyrova L.,  Yessembekova Z.  and  Peletto S. Prokaryotic Diversity of Ruminal Content and Its Relationship with Methane Emissions in Cattle from Kazakhstan. Life-Basel (2022) 12, 1911.  Р 1-13. Q2.  DOI:.org/10.3390/life12111911.

Симоне Пелетто, ветеринария ғылымдарының докторы, PhD, Omics генетика және озық әдістер зертханасының зерттеушісі. Ол Instituto Zooprofilattico Sperimentale Piemonte Liguria and Valle d'Aosta (IZS PLVA) (Турин, Италия) мекемесінде жұмыс істейді. Оның молекулалық-генетикалық зерттеулерде 19 жылдық тәжірибесі бар. Доктор Пелетто жануарлардың жұқпалы ауруларға генетикалық төзімділігін, сондай-ақ микроорганизмдердің молекулалық типтеуді, филогенетикалық және филогеографиялық зерттеулерді зерттейді. Доктор Пелетто молекулалық биология және генетика саласында тәжірибесі бар және зерттеуге геномдық тәсілді қолдануға мүмкіндік беретін келесі буын секвенирлеу технологиясы бойынша дағдыларға ие. Ол халықаралық рецензияланған журналдарда жарияланған 94 мақаланың авторы немесе бірлескен авторы. Хирш индексі – 28. (Scopus ID 22986339200; ResearcherID Web of Science: K-2005-2016). Оның міндеттеріне эксперименттік жобалауға қатысу, геномды толық жинау, вируленттілік генін талдау, SNP вариациясын талдау және нәтижелерді түсіндіруге көмектесу кіреді. Шетелдік ғалымның тәжірибесін пайдалану жобаның тиімділігі мен нәтижелілігін арттыруға, сондай-ақ оны сәтті іске асыру мүмкіндігін барынша арттыруға мүмкіндік береді.

Әбутәліп Әспен, ветеринария ғылымдарының докторы, профессор; ветеринариялық микробиология, иммунология, эпизоотология және жануарлардың жұқпалы патологиясы саласында ғылыми зерттеулер жүргізеді. 2009-2011 жылдары Қазақстан Республикасы Ауыл шаруашылығы министрлігінің «Бруцеллезге қолайсыз шаруашылықтардың денсаулығын жақсартуға бағытталған жануарлардың бруцеллезін диагностикалау және алдын алу әдістері мен құралдарын әзірлеу» жобаларының орындаушысы; 2012-2014 жылдары «Бруцеллезбен ауыратын жануарларды анықтауға бағытталған жоғары тиімді диагностикалық препараттарды өндірудің заманауи технологиялық әдістерін әзірлеу және жетілдіру». АҚШ-та (2006), (2007), ҚХР-да (2012) ғылыми тағылымдамадан өтті, «KZ-2» халықаралық гранты бойынша жұмыс істеді (2006-2008). Ол өзінің ғылыми мектебін құрып, алты ғылым кандидатына, екі ғылым докторына, екі PhD докторына және бес магистрантқа тәлімгерлік етті. Оның 40 жылдан астам тәжірибесі бар. Ол 230-дан астам ғылыми еңбек жариялады, оның ішінде Қазақстан Республикасының 35-тен астам инновациялық патенті, екі еуразиялық патент, 30 ұсыным және ғылыми-әдістемелік мақала, ветеринариялық препараттарға (вакциналар мен диагностика) арналған 12 нормативтік құжат және ветеринариялық медицина бойынша төрт оқулық пен үш түсіндірме сөздікті қоса алғанда, 12 монография бар.

Хирш индексі – 1. Жоба аясында ол бруцеллезбен ауырған жануарлардан патологиялық материал жинауды ұйымдастыруға және бруцеллезге эпизоотологиялық, серологиялық және бактериологиялық зерттеулер жүргізуге қатысады. (Зерттеуші идентификаторы: ORCID 0000-0002-2724-8220).

Серік Ғаниұлы Қанатбаев — биология ғылымдарының докторы, профессор; сиыр етінен жасалған эмбриондарды трансплантациялау, ешкі бруцеллезінің эпизоотологиясын зерттеу және осы инфекцияның диагностикалық және алдын алу шараларын әзірлеу бойынша маман. Ол Ресейдің Краснодар жануарлартану және ветеринария ғылыми орталығында жұқпалы жануарлар ауруларының алдын алу және диагностикалау бойынша оқудан өтті. Оның 30 жылдық ғылыми тәжірибесі бар. Ол 200-ден астам ғылыми мақалалардың, соның ішінде 7 оқулықтың, 3 монографияның, 30 ұсыныстың, 10 авторлық куәліктің және 5 нормативтік құжаттың, Web of Science және Scopus дерекқорларындағы және KKSON басылымдарының авторы. Хирш индексі 3-ке тең. Жоба аясында ол бруцеллезбен ауырған жануарлардан патологиялық материал жинауды ұйымдастыруға қатысады. (Зерттеуші ID: AFS-7677-2022 ORCID ID0000-0003-0640-4316).

Сәуле Тілекқызы Дауғалиева — ветеринария ғылымдарының PhD кандидаты және микробтық молекулалық генетика саласындағы маман. Ол Украинаның табиғатты пайдалану және биоресурстар институтында, Ресей ауыл шаруашылығы ғылымдары академиясының В. Горбатый атындағы Бүкілресейлік ет өнеркәсібі институтында және Ресей Федерациясы Ауыл шаруашылығы министрлігінің Санкт-Петербург басқару және азық-түлік технологиялары институтында молекулалық-генетикалық әдістер бойынша тағылымдамадан өтті. Ол микробтық идентификация әдістерін: ПТР, РТ-ПТР, Sanger секвенирлеуін, сондай-ақ Illumina MiSeq секвенсерінде 16S метагеномдық талдауын жетік меңгерген. Оның ветеринария саласында 24 жылдық тәжірибесі бар, оның 11-і молекулалық-генетикалық зерттеулер саласында. Ол 100-ден астам ғылыми мақалалардың авторы, соның ішінде Derwent Innovations Index дерекқорынан алынған патенттер, Web of Science және Scopus дерекқорларындағы жарияланымдар және Денсаулық сақтау және әлеуметтік дамуды бақылау комитеті. h-индексі 2-ге тең. Жоба Brucella spp. геномын толық секвенирлеуді және ПТР жүргізуді қамтиды. Микробиология және вирусология ғылыми-практикалық орталығында секвенирлеу MiSeq құралында орындалады. (Scopus авторының идентификаторы 57211979869, зерттеушінің идентификаторы: AAQ-3821-2020, ORCID ID0000-0002-8826-3942).

Адамбаева Ақмарал Әуелханқызы — «ҚазНИВИ» ЖШС бруцеллез зертханасының меңгерушісі; жануарлар бруцеллезін бактериологиялық зерттеу жөніндегі маман. Ресей Федерациясының Брянск қаласындағы И.Г. Петровский атындағы мемлекеттік университетінің биотехнология және экология ғылыми-білім беру орталығында Bola DRB3 гені бойынша ірі қара малдың генетикалық талдауы үшін ПТР-RFLP әдісін меңгеру және М. Айқынбаев атындағы Аса қауіпті инфекциялар жөніндегі ұлттық ғылыми орталығында II-IV патогенділік топтарының аса қауіпті инфекцияларының патогендерімен жұмыс істеу бойынша тағылымдамадан өтті. Оның 19 жылдық ғылыми тәжірибесі бар, оның ішінде 5 жыл молекулалық биология саласында. Ол 50-ден астам ғылыми мақалалардың авторы, соның ішінде Web of Science және Scopus дерекқорларындағы, сондай-ақ Әлеуметтік және мәдени істерді бақылау комитетіндегі басылымдар бар. Оның h-индексі 2. Жоба аясында ол дақылдарды бөліп алу және сәйкестендіруге, сондай-ақ ДНҚ экстракциясына қатысады. (ORCID: 0000-0002-6093-7853 Scopus авторының идентификаторы: 57200082345 Web of Science зерттеушісінің идентификаторы: AGR-1601-2022).

Қыдыр Назерке Серікқызы — Қазақ ұлттық аграрлық зерттеу университетінің ветеринария мамандығы бойынша магистратурада оқиды. Жоба аясында ол бруцеллезбен ауырған жануарлардан патологиялық материал жинауға қатысуда.

Ветеринарлық медицина бакалавры дәрежесінің студенті Нұрмолдаев Манат Таңжарықұлы — кіші ғылыми қызметкер. Жоба аясында ол бруцеллезбен ауырған жануарлардан патологиялық материал жинаумен айналысады.

---

Жоба аймағындағы зерттеу тобының негізгі қызметкерлерінің жарияланымдары туралы ақпарат

1) Peletto S., Caruso C., Cerutti F., Modesto P., Biolatti C., Pautasso A., Grattarola C., Giorda F., Mazzariol S., Mignone W., Masoero L., Casalone C., Acutis PL. (2018) Efficient isolation on Vero.DogSLAMtag cells and full genome characterization of Dolphin Morbillivirus (DMV) by next generation sequencing. Sci Rep. 16;8 (1):860 (Scopus 93). DOI: 10.1038/s41598-018-19269-2. Citations-10.

2) Cerutti F., Caruso C., Modesto P., Orusa R., Masoero L., Acutis P.L., Peletto S. (2019). The genome of border disease virus genotype 8 from chamois using next generation sequencing Veterinaria Italiana. 55 (1):103-105 (Scopus 65). DOI:10.12834/VetIt.1768.9338.1. Citations-1.

3) Scarpa F., Sanna D., Azzena I., Cossu P., Mugetti D., Cerutti F., Prearo M., Peletto S., Casu M. (2021). Draft genome sequence of rhodococcus qingshengii strain PN_19, isolated from a moribund individual of pinna nobilis in Sardinia, Italy. Microbiology Resource Announcements. 10(23). DOI:10.1128/MRA.00356-21. Citations-2.

• Yespembetov B.A., Syrym N.S., Zinina N.N., Kanatbaev S.G., Sarmykova M.M., Konbaeva G.M., Basybekov S.Z., Mussayeva A.K., Bazarbaev M.,  Siyabekov S.T. (2019). Phenotypic and genotypic characteristics of Brucella isolates from the Republic of Kazakhstan. Tropical Animal Heals and Production. 51(8):2361-2370. (Q2). DOI: 10.1007/s11250-019-01941-y. Citations-1.
• Yespembetov B.A., Syrym N.S., Syzdykov М., Kuznetsov А., Koshemetov Zh., Mussayeva A.K., Basybekov S., Kanatbaev S.G.,  Mankibaev А.,  Romashev С. (2019). Impact of geographical factors on the speard of animal brucellosis in the Republic of Kazakhstan. Comparative Immunology, Microbiology and Infectious Diseases. 67 :1-6. (68%). DOI:10.1016/j.cimid.2019.101349. Citations-2.
• Nam I.Ya., Adambayeva A.A., Sultanov A.A., Zayakin V.V. (2021). Genetic polymorphism of Kazakhstan meat breeds of cattle  in relation to resistance to brucellosis. Annals of Romanian Society for Cell Biology. ISSN:1583-6258. 25 (2) : 1781 – 1785.
• Адамбаева А.А., Нам И.Я., Султанов А.А., Заякин В.В., Ахмедов Р.Б. (2019). Генетические особенности больных бруцеллезом коров казахской белоголовой породы. Вестник АПК Ставрополья. ISSN: 2222-9345. 4(36):16-20. DOI: 10.31279/2222-9345-2019-8-36-16-20. Citations-1.
• Даугалиева С.Т., Чужебаева Г.Д., Даугалиева А.Т., Байменов Б.М. (2019). Молекулярно-генетическая характеристика штаммов бактерий. 3i Intellect, idea, innovation – интеллект, идея, инновация. ISSN 2226-6070. 3 :3-9. 
• Даугалиева А.Т., Барамова Ш.А., Усербаев Б.С., Адамбаева А.А., Даугалиева С.Т., Айтлесова Р.Б. (2019). Генетическое разнообразие штаммов Brucella melitensis и Brucella abortus, выделенных от людей и животных различных  областей Казахстана. Микробиология және вирусология. ISSN 2304-585Х. 1(24): 24-31.
• Ә. Әбутәліп, А.Ж. Мырзалиев, О. Түсіпқанұлы, Г. Қыдырова. (2020) Жануарлар бруцеллезін КБР балау тиімділігі. Биоқауіпсіздік жəне биотехнология. ISSN: 2707-7241. 1:11

2023 жылғы нәтижелер

1. Серологиялық тесттерді қолдана отырып, бруцеллезбен ауырған жануарларды анықтау.

Ақтөбе облысы, Хромтау ауданы, Донской ауылдық округінің «Ақтан» фермасында және Мұғалжар ауданы, Құмсай ауылдық округінің «Мейірбек» фермасында келесі серологиялық тесттерді қолдана отырып, бруцеллезді диагностикалау үшін ірі қара малдан 300 қан сарысуы сынамасы алынды: RBP, RA және RSK. Тоғыз ірі қара мал сынамасы үш тесттің барлығында оң нәтиже көрсетті. Айбек ауыл шаруашылығы кооперативінің сою пунктінде тоғыз ірі қара малдан патологиялық материал жиналды. Қостанай облысы, Мендіқара ауданы, Қарақоға ауылдық округінің «Байғожа» шаруа қожалығында және Әулиекөл ауданы, Сулукөл ауылдық округінің «Юльев» ауылында RBP, RA және RSK серологиялық тесттерін қолдана отырып, бруцеллезді диагностикалау үшін 450 ірі қара мал сарысуы сынамасы алынды. Үш тесттің барлығында он ірі қара мал сынамасы оң нәтиже көрсетті. «Қарасу Ет» ЖШС мал сою пунктінде 10 бас ірі қара малдан патологиялық материал жиналды. Батыс Қазақстан облысы, Тасқала ауданы, Амангелді ауылдық округінің Чижа ауылында және Бәйтерек ауданы, Махамбет ауылдық округінің Махамбет ауылында RBP, RA және RSK серологиялық сынақтарын қолдана отырып, бруцеллезді диагностикалау үшін 200 ірі қара малдың сарысу сынамасы жиналды. Үш сынақтың барлығында бес ірі қара малдың сынамасы оң нәтиже берді. «Сәлем» ЖШС мал сою пунктінде бес ірі қара малдың сынамасы алынды. Есепті кезеңде Алматы облысы, Еңбекшіқазақ ауданындағы «Рауан-Агро» ЖШС-де RBP, RA және RSK серологиялық сынақтарын қолдана отырып, бруцеллезді диагностикалау үшін ірі қара малдан 200 қан сынамасы және ұсақ малдан 300 сынама жиналды. Оның ішінде үш сынақтың барлығында 8 ірі қара малдың сынамасы және 10 ұсақ малдың сынамасы оң нәтиже берді. Мал сою пунктінде 18 бас ірі қара малдан патологиялық материал жиналды.

• Ауыл шаруашылығы жануарларынан алынған патологиялық материалдың ПТР талдауы.

Ақтөбе облысында сойылған 9 ірі қара малдың қан үлгілері мен паренхималық мүшелері ПТР-ға ұшырады. 4 үлгіден оң нәтиже берген жануарлар анықталды. Бұл үлгілер бактериологиялық тексеруге жіберілді. Қостанай облысында сойылған 10 ірі қара малдың қан үлгілері мен паренхималық мүшелері ПТР-ға ұшырады. Оң реакция берген жануарлар анықталмады.

Батыс Қазақстан облысында сойылған 5 ірі қара малдың қан үлгілері мен паренхималық мүшелері ПТР-ға ұшырады. Оң реакция берген жануарлар анықталмады.

Алматы облысында сойылған 8 ірі қара мал мен 10 ұсақ ірі қара малдың қан үлгілері мен паренхималық мүшелері ПТР-ға ұшырады. 18 үлгінің 8-і оң реакция берген жануарлар анықталды.

3) Таза дақылдар ауру жануарлардың патологиялық материалынан бөлініп алынды.

Ауру жануарлардың патологиялық материалынан он екі дақыл бөлініп алынды: Ақтөбе облысында 4 ірі қара малдан және Алматы облысында 3 ірі қара мал мен 5 ұсақ ірі қара малдан. Осылайша, ПТР талдау нәтижелері бактериологиялық нәтижелерге сәйкес келді.

4) Жануарлар дақылдарынан ДНҚ алынды.

ДНҚ кейіннен геномды толық секвенирлеу үшін GeneJet Genomic DNA Purification жинағын пайдаланып 12 жануар дақылынан алынды, ал оның концентрациясы Qubit® 2.0 флуориметрі және QubitTM dsDNA HS талдау жинағын пайдаланып анықталды.

---

2024 жылғы нәтижелер

1. Серологиялық зерттеулер 1927 жануарға (ірі қара, ұсақ күйіс қайыратын мал, шошқа, түйе, жылқы және иттер) жүргізілді. Олардың ішінде 167 жануарда бруцеллез анықталды.

2. Жануарлардың патологиялық материалын ПТР арқылы тексеру 18 жануарды бруцеллезбен ауыратынын растады.

3. Ауру жануарлардың патологиялық материалынан он сегіз таза дақыл бөлініп алынды.

4. ДНҚ 18 жануар дақылынан және бір адам дақылынан бөлініп алынды.

5. Brucella spp. геномының тұтас секвенирленуі Illumina MiSeq платформасында жүргізілді.

6. Вируленттілік гендеріне талдау жасалды. Вируленттілік гендеріне вируленттілік факторларының дерекқоры (VFDB) арқылы анықтама берілді. Гендердің көпшілігі LPS (липополисахарид) оперонымен байланысты вируленттілік факторлары тобына кірді. Вируленттілік факторы гендерінің тағы бір маңызды қоры IV типті секреция жүйесін кодтайтын гендермен (virB1-B12) ұсынылды. Соңында, екі ген (btpA, btpB) TIR доменін қамтитын ақуыздарды кодтады, олар дендритті жасушалардың жетілуін және қабынуға қарсы цитокиндердің өндірілуін тежейді, иммундық жалтаруды күшейтеді.

7. SNP өзгергіштігі талданды. BioEdit бағдарламалық жасақтамасын пайдаланып, 10 вируленттілік факторы (VF) гендерінде (Ure, Omp19, mviN, VceC, prpA, betB, bpe275, bspB, perA, manA) генетикалық мутациялар анықталды. Кодтау тізбектеріндегі аминқышқылдарының өзгерістеріне генетикалық вариациялар тексерілді.

Жарияланған басылымдар

1. Daugaliyeva A., Daugaliyeva S., Kydyr N, & Peletto S. (2024). Genotyping of the causative agent of brucellosis circulating in the territory of the West Kazakhstan region. Microbiology and virology, 2(45), 145–158. https://doi.org/10.53729/MV-AS.2024.02.09. КОКСНВО.
2. Daugaliyeva A., Daugaliyeva S., Kydyr N, & Peletto S. (2024). «Molecular typing methods to isolate Brucella spp. from Animals: A review». Veterinary world.-V.17.- 1778- 1788. doi: www.doi.org/10.14202/vetworld.2024.1778-1788. Q2. 82%

Қорытынды нәтижелер

2023 жылдан 2025 жылға дейін серологиялық, бактериологиялық және молекулалық биологиялық әдістерді (ПТР) қолдана отырып, бруцеллезге барлығы 4753 жануар мен адам сынамасы тексерілді. Серологиялық тестілеу 260 үлгіде (5,47%) оң реакцияларды анықтады, ал патогеннің бактериологиялық расталуы 41 жағдайда (0,86%) және ПТР расталуы 39 жағдайда (0,82%) жүзеге асырылды. Ең көп үлгі саны - 2843 - ірі қара малдан алынды, оның 154-і серологиялық оң нәтиже көрсетті. Ұсақ күйіс қайыратын жануарлардан алынған 1713 үлгінің 91-і серологиялық оң нәтиже көрсетті, олардың әрқайсысы 18-і бактериологиялық тестілеу және ПТР арқылы расталды. Оқшауланған оң жағдайлар түйелерде, жылқыларда, шошқаларда, иттерде және бір адамда (Оралда) да тіркелді, онда үш әдістің де нәтижелері сәйкес келді.

Brucella spp. геномының тұтас секвенирлеуі. Изоляттар Illumina MiSeq платформасында жұптасқан секвенирлеуді қолдану арқылы жүргізілді. WGS деректерін талдау үшін CLC Genomics Workbench (GW) v25 биоинформатикалық құбыры (QIAGEN, Германия) пайдаланылды.

Көршілес қосылыс (NJ) филогенетикалық ағашы, жылу картасы және нүктелік диаграмма талдауы жасалды.

WGS көмегімен 39 Brucella spp. геномын талдау 69 вируленттілік генін анықтады. Бұл гендердің кейбіреулері штаммдар арасында әртүрлі болды, соның ішінде VirB 10, WboA, BtpA, Pmm, VceC, BmaA, BmaC, BtaF, BspC, LpsB/LpcC, WbdA және WbpL.

SNP талдауы тіпті жоғары сақталған вируленттілік гендерінде де полиморфизмді анықтады: PerA және VceC-де аминқышқылдарының орын басулары табылды, бұл олардың қызметіне әсер етуі мүмкін. BspB, BPE275 және Omp19 гендерінің толығымен сақталғаны анықталды. Ure, MviN, PrpA және BetB гендерінде анықталған индекстер вируленттілікті төмендетуі мүмкін және сондықтан әлсіретілген вакцина штамдарын жасау үшін негіз болып қызмет етеді.

 

 

Жарияланған басылымдар

1. Daugaliyeva А., Daugaliyeva S., Kydyr N., Orazgaliyev, S Peletto S. 2025. Study of molecular virulence factors of Brucella isolates for vaccine development. Микробиология и вирусология. 1(48):137-143. https://doi:10.53729/MV-AS.2025.01.07.

2. Abutalip A., Kanatbayev S. G., Daugaliyeva А.Т., Daugaliyeva S.T., Semenenko M. P., Adilov A.D., Shakibayev E. B., Orynbayeva B.M. Retrospective analysis of the epizootic situation of brucellosis in the West Kazakhstan region. Ғылым және білім. 1-1(78):243-256. https://doi:10.52578/2305-9397-2025-1-1-243-256.
3. Даугалиева А.Т., Даугалиева С.T. 2025. Молекулярно-генетическая характеристика и эпидемиологическая значимость изолятов Brucella, циркулирующих в Казахстане. Ғылым және білім. 3-1(80):283-307. https://doi:10.52578/2305-9397-2025-3-1-283-307 .
4. Daugaliyeva A., Daugaliyeva S., Abutalip A., Adambayeva A., Kydyr N., Peletto S. 2025. Study of epidemiological and molecular characteristics of Brucella strains circulating in Kazakhstan. Veterinary Research Communications 49: 156. https://doi: www.doi.org/10.1007/s11259-025-10725-9.